那覇-石垣線で日本トランスオーシャン航空(JTA)が予定している3月以降の割引運賃が、同路線に新規参入するスカイネットアジア航空(SNA、ソラシドエア)の割引運賃を下回るとして、国土交通省が認めない状況になっている。