「沖縄ジュゴン訴訟」の主な争点は(1)米国家歴史保存法(NHPA)に基づき、国防総省は県などの関係者と協議を行ったか(2)「ジュゴンに悪影響を与えない」とする国防総省の結論は妥当か−の2点だ。