今回の行政代執行裁判には、国によれば二つの論点がある。一つは仲井真弘多前知事が行った公有水面埋め立て承認処分を、翁長雄志知事が取り消したのは、「行政の安定性」を害する。もう一つは、仲井真前知事が行った埋め立て承認は合法であって違法ではないという。