沖縄基地問題研究会では沖縄返還後も米軍による基地の自由使用を認めるかどうかも焦点となった。今回現存が判明した議事要録からは、自由使用を認めず、日本本土と同様に日米安全保障条約に基づく事前協議制度を適用すべきとの結論に向かう議論の詳細も明らかになった。